對於經檢驗證實感染人類免疫缺乏病毒者,自1997年4月7日起提供雞尾酒療法藥物治療。而醫療費用自2005年由原先之健保局依重大傷病給付,改為由衛生署公務預算給付,並委由中央健保局代收代付。
全國有42家愛滋病指定醫院:
北部:台大醫院、台北榮民總醫院、三軍總醫院、台北市立聯合醫院(忠孝院區、陽明院區、仁愛院區、和平院區、昆明院區)、馬偕醫院、台北市立萬芳醫院、亞東醫院、林口長庚醫院、衛生署桃園醫院、衛生署桃園療養院、新光醫院、台北醫學大學附設醫院、基隆長庚醫院、新竹馬偕醫院、陽明大學附設醫院、為恭紀念醫院
中部:中國醫藥大學附設醫院、中山醫學大學附設醫院、台中榮民總醫院、彰化基督教醫院、衛生署豐原醫院、衛生署南投醫院、衛生署彰化醫院、童綜合醫院、澄清綜合醫院中港分院、天主教若瑟醫院、衛生署草屯療養院
南部:成功大學醫學附設醫院、高雄醫學大學附設中和紀念醫院、高雄榮民總醫院、高雄長庚醫院、奇美醫院、屏東安泰醫院、義大醫院、屏東基督教醫院、台大附設醫院雲林分院、嘉義長庚醫院
東部:花蓮慈濟綜合醫院、台東馬偕醫院、基督教門諾醫院
離島:衛生署澎湖醫院、三總澎湖分院附設民眾服務處
 

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